1952年12月，北京中醫(yī)學(xué)會(huì)委托白嘯山,、高鳳桐在西單十八半截胡同籌建北京中醫(yī)學(xué)會(huì)針灸門診部,。建筑面積180平方米。

　　1953年2月23日,，北京中醫(yī)學(xué)會(huì)針灸門診部成立(集體所有制),。工作人員7人。同年10月針灸門診部增設(shè)內(nèi)科,，并更名為：北京市中醫(yī)學(xué)會(huì)門診部,。同年，著名中醫(yī)施今墨,，孔伯華等定期參加應(yīng)診,。

　　1954年1月，北京市公共衛(wèi)生局在秀貞女醫(yī)院舊址(西單北大街141號(hào))籌建北京市中醫(yī)第一門診部,。

　　1954年2月,，中醫(yī)學(xué)會(huì)門診部遷至西單羊肉胡同東口路南。(6月清末宮廷御醫(yī)夏錫五參加門診部工作,，吳定寰隨師應(yīng)診,。12月，屠金城到門診部每日半天應(yīng)診,。)建筑面積520平方米,，門診部工作人員28人，其中衛(wèi)生技術(shù)人員18人,。

　　1958年7月,，中醫(yī)學(xué)會(huì)門診部由北京市公共衛(wèi)生局接管，成為全民所有制事業(yè)單位,。并更名為：北京市西四中醫(yī)門診部,。工作人員45人。12月,，許彭齡參加北京市中醫(yī)第一門診部工作,。

　　1959年初，北京市西四中醫(yī)門診部和北京市中醫(yī)第一門診部由市公共衛(wèi)生局領(lǐng)導(dǎo)劃歸西城區(qū)衛(wèi)生局領(lǐng)導(dǎo)。3月,，兩個(gè)門診部合并,，并遷至護(hù)國(guó)寺西巷22號(hào)(與區(qū)衛(wèi)生局同一樓內(nèi))。更名為：北京市西城區(qū)護(hù)國(guó)寺中醫(yī)門診部,。建筑面積920平方米,，工作人員96人。

　　1974年,，門診部由護(hù)國(guó)寺西巷22號(hào)遷入棉花胡同83號(hào)(原西城區(qū)兒童醫(yī)院舊址),。占地面積6153平方米。

　　1975年10月,，西城區(qū)革命委員會(huì)批準(zhǔn)將西城區(qū)護(hù)國(guó)寺中醫(yī)門診部擴(kuò)建為西城區(qū)中醫(yī)醫(yī)院，開設(shè)病床20張,。有職工173人,，其中衛(wèi)生技術(shù)人員131人。

　　1979年9月,，新建病房樓投入使用(建筑面積2140.53平方米)開設(shè)病床150張,，職工人數(shù)296人，其中衛(wèi)生人員227人,。

　　1986年5月,，門診醫(yī)技樓竣工并投入使用(建筑面積6340平方米)。9月,，經(jīng)西城區(qū)衛(wèi)生局批準(zhǔn),，醫(yī)院更名為：北京市護(hù)國(guó)寺中醫(yī)醫(yī)院。開設(shè)病床250張,，職工總數(shù)457人,，其中衛(wèi)生技術(shù)人員327人。

　　1994年7月,，醫(yī)院更名為：北京中醫(yī)藥大學(xué)附屬護(hù)國(guó)寺中醫(yī)醫(yī)院,。

　　1995年11月，被評(píng)為“二級(jí)甲等中醫(yī)院”,。

　　1996年9月,，被評(píng)為“全國(guó)示范中醫(yī)院”。

　　2005年1月,，經(jīng)西城區(qū)委,，區(qū)政府決定，護(hù)國(guó)寺中醫(yī)醫(yī)院與西城區(qū)廠橋醫(yī)院整合,，組建新的北京中醫(yī)藥大學(xué)附屬護(hù)國(guó)寺中醫(yī)醫(yī)院,，開設(shè)病床390張，職工907人。

　　2007年北京市中醫(yī)管理局批準(zhǔn)醫(yī)院使用“北京市針灸醫(yī)院”作為第二名稱,。

　　2012年通過國(guó)家中醫(yī)藥管理局“三級(jí)甲等中醫(yī)?？漆t(yī)院”評(píng)審。