1952年12月，北京中醫(yī)學會委托白嘯山,、高鳳桐在西單十八半截胡同籌建北京中醫(yī)學會針灸門診部,。建筑面積180平方米。

　　1953年2月23日,，北京中醫(yī)學會針灸門診部成立(集體所有制),。工作人員7人,。同年10月針灸門診部增設內科，并更名為：北京市中醫(yī)學會門診部,。同年,，著名中醫(yī)施今墨，孔伯華等定期參加應診,。

　　1954年1月,，北京市公共衛(wèi)生局在秀貞女醫(yī)院舊址(西單北大街141號)籌建北京市中醫(yī)第一門診部。

　　1954年2月,，中醫(yī)學會門診部遷至西單羊肉胡同東口路南,。(6月清末宮廷御醫(yī)夏錫五參加門診部工作，吳定寰隨師應診,。12月,，屠金城到門診部每日半天應診。)建筑面積520平方米,，門診部工作人員28人,，其中衛(wèi)生技術人員18人。

　　1958年7月,，中醫(yī)學會門診部由北京市公共衛(wèi)生局接管,，成為全民所有制事業(yè)單位。并更名為：北京市西四中醫(yī)門診部,。工作人員45人,。12月，許彭齡參加北京市中醫(yī)第一門診部工作,。

　　1959年初,，北京市西四中醫(yī)門診部和北京市中醫(yī)第一門診部由市公共衛(wèi)生局領導劃歸西城區(qū)衛(wèi)生局領導。3月,，兩個門診部合并,，并遷至護國寺西巷22號(與區(qū)衛(wèi)生局同一樓內)。更名為：北京市西城區(qū)護國寺中醫(yī)門診部,。建筑面積920平方米,，工作人員96人。

　　1974年,，門診部由護國寺西巷22號遷入棉花胡同83號(原西城區(qū)兒童醫(yī)院舊址),。占地面積6153平方米。

　　1975年10月,，西城區(qū)革命委員會批準將西城區(qū)護國寺中醫(yī)門診部擴建為西城區(qū)中醫(yī)醫(yī)院,，開設病床20張。有職工173人，其中衛(wèi)生技術人員131人,。

　　1979年9月，新建病房樓投入使用(建筑面積2140.53平方米)開設病床150張,，職工人數(shù)296人,，其中衛(wèi)生人員227人。

　　1986年5月,，門診醫(yī)技樓竣工并投入使用(建筑面積6340平方米),。9月，經西城區(qū)衛(wèi)生局批準,，醫(yī)院更名為：北京市護國寺中醫(yī)醫(yī)院,。開設病床250張，職工總數(shù)457人,，其中衛(wèi)生技術人員327人,。

　　1994年7月，醫(yī)院更名為：北京中醫(yī)藥大學附屬護國寺中醫(yī)醫(yī)院,。

　　1995年11月,，被評為“二級甲等中醫(yī)院”。

　　1996年9月,，被評為“全國示范中醫(yī)院”,。

　　2005年1月，經西城區(qū)委,，區(qū)政府決定,，護國寺中醫(yī)醫(yī)院與西城區(qū)廠橋醫(yī)院整合，組建新的北京中醫(yī)藥大學附屬護國寺中醫(yī)醫(yī)院,，開設病床390張,，職工907人。

　　2007年北京市中醫(yī)管理局批準醫(yī)院使用“北京市針灸醫(yī)院”作為第二名稱,。

　　2012年通過國家中醫(yī)藥管理局“三級甲等中醫(yī)?？漆t(yī)院”評審。